การคำนวณต้นทุนต่อหน่วยเพื่อให้ได้ต้นทุนแยกตามหน่วยงาน อันจะเป็นประโยชน์ต่อการวัดผลการดำเนินงานและเพิ่มประสิทธิภาพในการทำงาน และกระจายต้นทุนของแต่ละหน่วยงานเข้าสู่กิจกรรมและผลผลิต เพื่อให้ได้ต้นทุนต่อหน่วยผลผลิตต่อไป การคำนวณต้นทุนต่อหน่วยหลักสูตรต่างๆ เป็นการคำนวณต้นทุนต่อหน่วยที่คิดจากรายจ่ายจริง โดยรวมรายจ่ายจากงบประมาณแผ่นดินและงบประมาณเงินรายได้โดยแบ่งเป็น 2 ขั้นตอน ได้แก่
               1) การคำนวณต้นทุนต่อหน่วยผลผลิต
               2) การคำนวณต้นทุนต่อหน่วยหลักสูตรต่าง ๆ
               ส่วนงานที่จัดการเรียนการสอน หมายถึง ส่วนงานที่มีการจัดการเรียนการสอน ซึ่งมีหลักสูตรและนิสิตสังกัดประจำส่วนงานของตนเอง

 จำนวนหลักสูตรที่รายงานต้นทุนต่อหน่วยของหลักสูตร
------------------------------------------------------------------  x  100
                   จำนวนหลักสูตรทั้งหมด